שו”ע ( או”ח לד) – מקום יש בראש להניח שני תפלין, וכן בזרוע ואם אינו יודע לכון המקום ולהניח שניהם יחד, יניח כדברי האחד של יד ושל ראש (ויסלקם מיד) ויניח האחרים על סמך ברכה ראשונה, ואם (ויש אומרים) לא יוכל להניח בבת אחת, יניח של רש״י, ויברך עליהם, ויהיו עליו בשעת קריאת שמע ותפלה, ואחר התפלה יניח של רבנו תם בלא ברכה ויקרא בהם שמע והיה אם שמוע.
משנה ברורה – (יד) ואחר התפלה – היינו כדין המבואר לעיל בסימן כ״ה סי״ג ולא כאלו החולצין תפילין דרש״י ומניחין דר״ת תיכף לאחר קדושה של י״ח ובאמת מלבד שעושין שלא כדין המבואר לעיל בסימן כ״ה סי״ג גם צריך לכוין בתפלת י״ח להש״ץ לא לעסוק בדבר אחר [פמ״ג]
ילקוט יוסף (סימן לד) – לכתחלה היה מן הראוי להניח ב’ זוגות התפילין של רש”י ושל רבינו תם ביחד, כדי שברכת “להניח תפילין” תחול על שתיהן יחדיו, וגם כדי שיקרא בהן קריאת שמע ויתפלל עמהן כראוי. שזוהי קבלת מלכות שמים שלימה כי מקום יש בראש להניח שתי תפילין, וכן בזרוע כדאיתא בעירובין אולם כל זה כאשר התפילין קטנים מאוד.. כדי שבאופן שכזה יהיו כל שתי התפילין מונחות על הקיבורת של הזרוע, בחצי הנוטה לצד היד, כי אם יהיה אפילו חלק קטן מאד מהתפילין מונח בחצי החלק העליון הנוטה לצד הכתף, הרי ברכתו על התפילין היא ברכה לבטלה, וגם לא יצא ידי חובת תפילין של רש”י, כי שם איננו המקום הכשר להנחת תפילין כלל, ויוצא שכרו בהפסדו. ולכן כל שקשה מאד למצוא תפילין כשרים קטנים כל כך, שיהיה אפשר להניחן ביחד במקום הכשר לתפילין ללא כל פקפוק, יש להניחן בזה אחר זה, דהיינו שיניח תפילין של רש”י ויברך עליהן עובר לעשייתן, ויקרא בהן קריאת שמע ויתפלל, ואחר התפלה יניח תפילין של רבינו תם בלא ברכה, ויקרא בהן פרשת שמע ופרשת והיה אם שמוע, ובזה הוא יוצא ידי חובת כל הפוסקים.
הנוהגים להניח תפילין דרבינו תם באמצע תפלת החזרה של השליח צבור, לא יפה עושים, שאף על פי שרשאים לענות אמן דברכות באמצע הנחת תפילין של רבינו תם, מכל מקום כיון שגם בזה יש מחמירים, ראוי שלא להביא את עצמו לכתחלה לידי כך, ורק אם במקרה התחיל להניח תפילין של יד של רבינו תם, ובמפתיע שמע קדיש וקדושה יענה. ובפרט שיש להזהר להקשיב לחזרת השליח צבור, ואף לעיין בספר באמצע החזרה יש להמנע.
יש שנוהגים להניח תפילין של רבינו תם קודם קדושת ובא לציון, כדי שיאמרו עמהן קדושה אחת. וכן ראוי לנהוג. אולם כל זה אם הצבור כולו ממתין להנחת תפילין קודם אשרי, אבל יחיד המתפלל עם הצבור, ואם יפסיק קודם אשרי כדי להניח רבנו תם, יפסיד אמירת קדושת ובא לציון עם הצבור, באופן כזה נכון שיניח תפילין דר”ת אחר התפלה.
המניח תפילין של רבינו תם בראש חודש, יניחן קודם קריאת התורה, ואפשר להניחן בעת שאומרים בריך שמיה עם פתיחת ההיכל. ויקרא עמהן ב’ פרשיות של קריאת שמע. ואותם הנוהגים בכל יום להניח תפילין של רבינו תם אחר התפלה וללמוד עמהם, בראש חודש אין נכון לכתחלה להניחן אחר תפלת מוסף. אולם השליח צבור שאינו יכול לשהות בהנחת תפילין של רבינו תם, מפני טורח צבור, יכול להניחן אחר תפלת מוסף.