נהגו שלא להרבות שמחה בזמן בימי ספירת העומר, ולנהוג מקצת מנהגי אבילות (נישואין, תספורת הראש והזקן, ריקודין ושמיעת מוזיקה) מהטעמים הבאים:
- אבלות על מות תלמידי רבי עקיבא שמתו באותה תקופה. סיבת מותם של תלמידי רבי עקיבא. מובא בתלמוד מסכת יבמות (סב, ב): “אמרו: שנים עשר אלף זוגים של תלמידים היו לו לרבי עקיבא.. וכולן מתו בפרק אחד, מפני שלא נהגו כבוד זה לזה.. תנא: כולם מתו מפסח ועד עצרת.. וכולם מתו במיתה רעה”. “והיה העולם שמם עד שבא רבי עקיבא אצל רבותינו שבדרום ושנאה להם, (ואלו התלמידים החדשים): רבי מאיר ורבי יהודה ור’ יוסי ורבי שמעון ורבי אלעזר בן שמוע, והם הם העמידו תורה”. עוד מסופר במדרש (ב”ר סא, ג) שאמר רבי עקיבא לתלמידיו החדשים: “בניי, הראשונים לא מתו אלא שהיתה עיניהם צרה אלו לאלו, תנו דעתכם שלא תעשו כמעשיהם”.
- המנהג הוא כדעת התנא רבי יוחנן בן נורי שמשפט רשעים בגיהנום בין פסח לעצרת. (שבלי הלקט- “ואחי ר’ בנימין נר”ו פי’ הטעם מה שנהגו שלא לישא בין פסח לעצרת לפי מה שמצינו בסדר עולם פ”ג משפט רשעים בגיהנם שנים עשר חדש שנאמר והיה מידי חדש בחדשו ר’ יוחנן בן נורי אמר מן הפסח עד עצרת שנאמר ומדי שבת בשבתו”).
- ימים שיש להם מזל רע – נפלה מגפה בתלמידי רבי עקיבא (יבמות סב,ב) , מסעות הצלב שהחלו בשנת תתנ”ו לאלף החמישי, רצחו הנוצרים באשכנז רבבות יהודים, ואף אסונות אלו התחוללו ברובם בימי ספירת העומר, שנים ת”ח ות”ט לאלף השישי, רצחו הקוזקים במזרח אירופה רבבות ואולי מאות אלפי יהודים, ואף פרעות אלו אירעו ברובם בימי ספירת העומר. לפיכך נטו באשכנז להחמיר יותר במנהגי אבלות אלו. (פניני הלכה).